DESAIN PRIMER UNTUK DETEKSI Tilapia Lake Virus (TiLV) DENGAN METODE ONE TUBE SEMI-NESTED RT-PCR

Miftah Khairati Bethan, 1611201015 and Annisa Khumaira, S.P., M.Biotech and ARIF Bimantara, S.Pi., M.Biotech and Wiwit Probowati, 8704181504271 (2020) DESAIN PRIMER UNTUK DETEKSI Tilapia Lake Virus (TiLV) DENGAN METODE ONE TUBE SEMI-NESTED RT-PCR. Skripsi thesis, Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta.

Full text not available from this repository.

Abstract

Tilapia Lake Virus (TiLV) yang termasuk dalam genus baru dari famili Orthomyxoviridae, telah menyebabkan kematian massal ikan nila dengan tingkat mortalitas hingga 90%. Aplikasi RT-PCR dan semi-nested RT-PCR konvensional untuk deteksi TiLV masih terdapat kekurangan diantaranya yakni, tingkat sensitifitas RT-PCR yang masih rendah. Sedangkan, pada semi-nested RT-PCR terdapat transfer amplikon yang dapat menambah resiko kontaminasi dan memerlukan waktu yang lebih lama. One tube semi-nested RT-PCR sebagai metode deteksi alternatif TiLV dapat menutupi kekurangan pada teknik-teknik sebelumnya dengan aplikasi satu tabung untuk kedua reaksi amplifikasi. Selain itu, primer-primer sebelumnya yang telah dipublikasi banyak yang memiliki struktur sekunder dan terdapat sekuen nukleotida yang mirip gen inang yang menyebabkan false postive. Untuk itu, desain primer untuk deteksi TiLV dengan metode one tube semi-nested RT-PCR perlu dianalisis kembali. Desain dan analisis primer TiLV segmen 3 (GenBank accession number KU751816) menggunakan software online MultAlin untuk proses alignment, BLAST, serta Oligocalculator untuk analisis struktur sekunder dan fitur primer lainnya. Analisis sekuen nukleotida TiLV segmen 3 menghasilkan kandidat primer FTTGGGCACAAGGCATCCTAC (panjang primer 20 basa dan konten GC 55%), primer R1-TTTCCCTGCCTGAGTTGTGC (panjang primer 20 basa, konten GC 55%, dan produk amplikon 414 bp) serta primer R2-CGTGCGTACTCGTTCAGT (panjang primer 18 basa, konten GC 56% dan produk amplikon 254 bp). Ketiga primer tersebut tidak memiliki struktur sekunder dan hanya spesifik untuk deteksi TiLV. Kandidat primer F, R1 dan R2 merupakan primer yang ideal untuk deteksi TiLV menggunakan metode one tube semi-nested RT-PCR.

Item Type:	Thesis (Skripsi)
Uncontrolled Keywords:	One Tube Semi-Nested RT-PCR, RNA TiLV Segment 3, Primer Design
Subjects:	Q Science > Q Science (General) Q Science > QH Natural history > QH426 Genetics Q Science > QR Microbiology > QR355 Virology
Divisions:	Faculty of Science and Technology > School of Biotechnology
Depositing User:	Admin Mr. Admin
Date Deposited:	21 Oct 2021 02:34
Last Modified:	21 Oct 2021 02:34
URI:	http://digilib.unisayogya.ac.id/id/eprint/5165

Actions (login required)

View Item

Downloads